Martini-Klinik använder ett system för kvalitetsstyrning och är certificerat enligt ISO-Standard (ISO 9001:2000).
Dessutom är Martini-Klinik ett av de första prostatacancercenter i Tyskland som det tyska cancerförbundet, Deutsche Krebsgesellschaft e.V., 2007 certificerade. Varje år granskar ett oberoende institut om de stränga krav som ställs verkligen uppfylls.